Tại Tokyo,vàolúc 7h40 sáng3/6 (theo giờ địa phương), Cơ quan Khí tượng Nhật Bản và chính quyền thành phố đã ban hành cảnh báo lũ cấp 4đối với hai con sông Nogawa và Sengawa ở Tokyo. Trước đó khoảng 30 phút, cảnh báo lũ cấp 4 cũng được ban hànhđối với sông Zenpukuji.

Cơ quan Khí tượng Nhật Bản và chính quyền thành phố Tokyo đang kêu gọi người dân kiểm tra thông tin sơ tán từ chính quyền địa phương và ngay lập tức di chuyển đến nơi an toàn nếu đang ở trong khu vực nguy hiểm.

Tại Wakayama, cảnh báo lũ lụt đặc biệt đã được ban hành cho sông Kozagawa, chảy qua tỉnh Wakayama. Đây là mức cảnh báo cao nhất trong hệ thống cảnh báo 5 cấp của Nhật Bản, khuyến cáo người dân cần hết sức thận trọng về nguy cơ sạt lở đất, lũ lụt sông và ngập úng, đồng thời thực hiện mọi hành động cần thiết để đảm bảo an toàn, chẳng hạn như di chuyển lên tầng hai hoặc khu vực cao hơn của các tòa nhà nếu việc di chuyển đến trung tâm sơ tán nguy hiểm. Thị trấn Kozagawa thuộc tỉnh Wakayama cũng ban hành “biện pháp phòng ngừa an toàn khẩn cấp”, nhắm vào 862 hộ gia đình và 1.672 người dân tại 16 huyện phía hạ lưu khu vực Aise.

Tại Kanagawa, vào lúc 6h53sáng 3/6, chính quyền địa phương cũng phát cảnh báo nguy cơ sạt lở cấp 4 cho thành phố Yokosuka, kêu gọi người dân kiểm tra thông tin sơ tán từ chính quyền địa phương và lập tức di chuyển đến nơi an toàn, nếu đang ở những vị trí nguy hiểm. Chính quyền thành phố cũng đã ban hành lệnh sơ tán đối với 3.166 hộ gia đình và 5.296 người dân do nguy cơ sạt lở đất ở mức cao do mưa lớn.

Tại tỉnh Ibaraki, do mưa lớn có thể gây khó khăn cho việc sơ tán, thành phố Hitachiota đã phát cảnh báo sơ tán cấp độ 3 trên thang 5 cấp của Nhật Bản đối với 18.804 hộ gia đình và 44.176 cư dân trên toàn thành phố, khuyến cáo người cao tuổi và người khuyết tật nên bắt đầu sơ tán sớm.Một lệnh sơ tán tương tự cũng được ban hành tại thành phố Iwaki thuộc tỉnh Fukushima.

Tại Shizuoka, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã phát cảnh báo thời tiết cho khu vực Izu thuộc tỉnh này khi một dải mưa tuyến tính hình thành, làm gia tăng nhanh chóng nguy cơ sạt lở đất và lũ lụt, đồng thời kêu gọi người dân nâng cao cảnh giác, thực hiện mọi biện pháp phòng ngừa để đảm bảo an toàn.

Cùng với những nguy cơ lũ lụt và sạt lở đất, bão số 6 càn quét qua các địa phương của Nhật Bản cũng ảnh hưởng nghiêm trọng đến cuộc sống và sinh hoạt của người dân. Tính đến 4 giờ sáng 3/6, hơn 12.000 hộ gia đình tại khu vực Kansai bị mất điện do mưa lớn. Tình trạng tương tự cũng đang xảy ra ở cả bốn tỉnh thuộc khu vực Shikoku. Theo bản tóm tắt do tỉnh Okinawa tổng hợp về thiệt hại do bão số 6 gây ra, địa phương này có 16 người bị thương, hàng chục ngôi nhà bị hư hại, nhiều cột đèn đường, cây cối bị đổ sập.

Tình trạng mưa lớn và nguy cơ lũ lụt cũng khiến hàng loạt các địa phương của Nhật Bản phải đóng cửa các trường học. Tại Tokyo, Sở Giáo dục Thành phố đã quyết định tạm thời đóng cửa đối với 77 ​​trường tiểu học và trung học cơ sở công lập. Tỉnh Ibaraki đóng cửa tất cả các trường tiểu học, trung học cơ sở, trung học phổ thông công lập, cũng như các trường giáo dục bắt buộc trong tỉnh. Ngoài ra, các tỉnh như Kanagawa, Saitama, Chiba, Tochigi, Nagano, Yamanashi…, cũng đều quyết định đóng cửa hàng trăm trường học trên địa bàn tỉnh.

Do ảnh hưởng của bão số 6, hệ thống giao thông tại Tokyo dự kiến có thể tê liệt ở nhiều nơi do nhiều tuyến tàu cao tốc có khả năng xảy ra hủy chuyến hoặc chậm chuyến, một số tuyến đường sắt thông thường trong khu vực đô thị và nhiều tuyến đường cao tốc cũng bị hủy bỏ, trong khihai hãng hàng không lớn nhất Nhật Bản là Japan Airlines (JAL) và All Nippon Airways (ANA) đã thông báo hủy 524 chuyến baytrong ngày 3/6.