Theo đó, quá trình kiểm tra, Cục Thuế phát hiện các doanh nghiệp chế biến thủy sản kê khai thu mua nguyên liệu từ một số tàu thuyền đánh bắt hải sản chưa có giấy phép khai thác. 

Do đó, Cục thuế đã loại tất cả chi phí thu mua nguyên liệu từ những tàu thuyền này ra khỏi danh mục được hoàn thuế, đồng thời truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp 20% trên toàn bộ chi phí nguyên liệu.

Ngành Thuế cũng phạt doanh nghiệp chậm nộp thuế (tính từ 2016 đến nay) tương đương 20%, đây là một số tiền rất lớn, nguy cơ đẩy các doanh nghiệp rơi vào tình trạng đóng cửa, ngưng hoạt động.

Theo ông Ngô Viết Hoài, Phó Chủ tịch Hội Thủy sản tỉnh Bà Rịa- Vũng Tàu, đến nay toàn tỉnh có 40% giấy phép khai thác trên biển còn hiệu lực, 6-7 năm trước đây thì tỉ lệ này còn thấp hơn, cho nên ngành thuế loại chi phí thu mua nguyên liệu là chưa hợp lý.

Cũng theo ông Hoài, ngành thuế nên chấp thuận đối với các tàu có một trong các giấy tờ như: giấy phép khai thác, giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật, vệ sinh tàu cá, giấy đăng kiểm (còn hạn) thì được xem là khai thác hợp pháp.

Nếu chỉ căn cứ vào giấy phép khai thác thì chưa phù hợp với thực tế của nghề cá hiện nay. Vì vậy, chỉ cần một trong các giấy tờ trên để đủ chứng minh nhà nước đã theo dõi, quản lý nhưng vì nhiều lý do, nhiều thời điểm khác nhau nên ngư dân chưa làm thủ tục cấp phép hay cấp phép lại. Có thể họ đang đi biển, hoặc vào bờ rồi mà thu lỗ dẫn đến không tiếp tục. Hay có thể một số tàu đã bán đi tỉnh khác hoặc mất tích, ông Hoài chia sẻ.