Tại Điều 7 Thông tư số 91 đưa ra 5 tiêu chí xác định người nộp thuế có rủi ro cao trong đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử có các dấu hiệu như:Thứ nhất, người nộp thuế có chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân, đồng thời là chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân có kết luận của cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền có hành vi gian lận, mua bán hóa đơn trên cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế.

Thứ hai, người nộp thuế có chủ sở hữu hoặc người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh hoặc chủ doanh nghiệp tư nhân thuộc danh sách có giao dịch đáng ngờ theo quy định của Luật Phòng, chống rửa tiền.

Thứ ba, người nộp thuế đăng ký địa chỉ trụ sở chính không có địa chỉ cụ thể theo địa giới hành chính hoặc tại căn hộ chung cư (không bao gồm căn hộ hoặc phần diện tích của nhà chung cư được phép sử dụng cho mục đích kinh doanh theo quy định của pháp luật), trừ trường hợp cá nhân kinh doanh.

Thứ tư, người nộp thuế có người đại diện theo pháp luật hoặc chủ sở hữu đồng thời là người đại diện theo pháp luật hoặc chủ sở hữu của người nộp thuế ở trạng thái mã số thuế người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc ở trạng thái người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, người nộp thuế có hành vi vi phạm về thuế, hóa đơn, chứng từ theo quy định tại Thông tư số 94/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế.

Thứ năm, người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro khác do cơ quan thuế xác định theo quy định Thông tư số 94/2026 và có thông báo cho người nộp thuế được biết và giải trình.