Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã điều tra làm rõ ông Hoàng Trung, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp & Phát triển nông thôn (hiện là Bộ Nông nghiệp & Môi trường)và ông Nguyễn Quang Hiếu, Phó Cục trưởng Cục Trồng trọt & Bảo vệ thực vật lợi dụng chức vụ, quyền hạn ban hành các chính sách trái pháp luật, có dấu hiệu của việc ban hành "Giấy phép con" để phục vụ lợi ích nhóm, trục lợi cá nhân số tiền đặc biệt lớn; can thiệp, chỉ đạo cấp dưới thực hiện hành vi cấp khống Giấy kiểm nghiệm, mã số vùng trồng; mua, bán trái phép mã số vùng trồng, mã cơ sở đóng gói.

Các hành vi sai phạm này gây thiệt hại nghiêm trọng đến quyền, lợi ích hợp pháp của người trồng, doanh nghiệp xuất khẩu Sầu riêng, gây thất thu đặc biệt lớn cho ngân sách Nhà nước và ảnh hưởng xấu đến uy tín, thương hiệu của toàn bộ ngành nông sản Việt Nam.

Trên cơ sở kết quả điều tra, thu thập tài liệu, chứng cứ, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đã khởi tố bị can, bắt bị can để tạm giam đối với Hoàng Trung, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp & Môi trường và Nguyễn Quang Hiếu, Phó Cục trưởng Cục Trồng trọt & Bảo vệ thực vật về tội "Nhận hối lộ" quy định tại Điều 354 Bộ luật Hình sự; Nguyễn Thị Hà, Chi cục trưởng Chi cục Kiểm dịch vùng 7 (thuộc Cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật) và Bế Thị Thu Hiền, Trạm trưởng Trạm Kiểm dịch Hữu Nghị - Lạng Sơn về tội "Giả mạo trong công tác", quy định tại Điều 359 Bộ luật Hình sự.

Hiện Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu đang tiếp tục tập trung lực lượng, mở rộng điều tra, làm rõ hành vi vi phạm của các bị can, đối tượng liên quan tại các cơ quan quản lý nhà nước và các đơn vị kiểm nghiệm, đơn vị được cấp mã số vùng trồng, cơ sở đóng gói liên quan, đề xuất xử lý theo quy định pháp luật; đồng thời, điều tra, xác minh phục vụ thu hồi triệt để tài sản cho Nhà nước.