Viện kiểm sát nhân dân Tối cao đã ra cáo trạng truy tố 17 bị can trong giai đoạn 2 của vụ án "chuyến bay giải cứu" về các tội "Đưa/nhận hối lộ, Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, Che giấu tội phạm". Trong số các bị can, cựu Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ Thái Nguyên Trần Tùng bị truy tố về hai tội "Nhận hối lộ" và "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".

Đối với tội "Nhận hối lộ" của Trần Tùng, cáo trạng xác định: Khoảng cuối năm 2000, ông Vũ Hồng Nam, nguyên Đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản (bị can Giai đoạn 1 của vụ án) liên hệ với Giám đốc Sở Ngoại vụ Thái Nguyên là ông V. đề nghị giúp đỡ, tạo điều kiện đưa công dân Việt Nam từ Nhật Bản về nước cách ly tại Thái Nguyên. Ông V. cho ông Nam số điện thoại của Trần Tùng để ông Nam liên hệ. 

Qua trao đổi, Trần Tùng cho biết đang cách ly chuyên gia nước ngoài, khi nào có khách sạn trống sẽ thông báo cho ông Nam biết. Đầu tháng 3/2021, Trần Tùng chủ động gọi cho ông Nam báo đã có địa điểm cách ly và đề nghị ông Nam gửi công điện về UBND tỉnh Thái Nguyên. 

Ông Nam giới thiệu Lê Văn Nghĩa (bị can giai đoạn 1 của vụ án, Giám đốc công ty Nhật Minh), sau đó Nghĩa liên hệ với Tùng để xin cho công ty Nhật Minh được tổ chức các chuyến bay đưa khách từ Nhật Bản về cách ly tại Thái Nguyên. 

Tùng yêu cầu chi phí trọn gói là 18 triệu đồng/khách (gồm chi phí khách sạn, ăn ở, test Covid, chi phí xin văn bản cách ly...) Tuy nhiên, khi thể hiện trên hợp đồng chỉ ghi là 10 triệu đồng - 12 triệu đồng/khách. Số tiền chênh lệch 6 triệu đồng - 8 triệu đồng sẽ chuyển lại cho bị can Trần Thị Quyên (Giám đốc Công ty Sen vàng đất Việt) để Quyên chuyển cho Tùng.

Lê Văn Nghĩa nêu ý kiến là chi phí trọn gói 18 triệu đồng/khách quá cao, xin giảm giá nhưng không được Tùng chấp thuận. Do đó, Nghĩa buộc phải đồng ý theo yêu cầu của Tùng. Sau khi đạt được thoả thuận, Trần Tùng gọi điện cho Quyên để Quyên đến gặp Lê Văn Nghĩa cùng trao đổi về việc tổ chức cách ly. 

Sau khi thực hiện các chuyến bay, Lê Văn Nghĩa đã chuyển cho bị can Trần Thị Quyên (Giám đốc Công ty Sen vàng đất Việt) số tiền ngoài hợp đồng là 4,4 tỷ đồng. Quyên chuyển lại số tiền này cho Tùng. Viện kiểm sát xác định đây là số tiền nhận hối lộ của bị can Trần Tùng. Quá trình điều tra, Trần Tùng đã nộp lại 700 triệu đồng để khắc phục hậu quả; Trần Thị Quyên nộp lại 160 triệu đồng.