Sau 2 tuần thông xe, sáng 1/4, Công ty cổ phần BOT cầu Phú Mỹ chính thức thu phí các phương tiện ô tô lưu thông qua tuyến đường này.
Việc thu phí được thực hiện đối với các xe ô tô lưu thông từ các tỉnh miền Tây sang miền Đông Nam Bộ qua cầu Phú Mỹ theo hướng quốc lộ 1A qua các tuyến đường Nguyễn Văn Linh, tỉnh lộ 25B và xa lộ Hà Nội. Sau khi cho phép thông xe vào ngày 18/3 vừa qua, mỗi ngày có trên 20.000 ô tô lưu thông qua cầu và đã giảm đáng kể áp lực giao thông cho các tuyến đường tại khu vực trung tâm thành phố như: Tôn Đức Thắng, Nguyễn Hữu Cảnh và cầu Sài Gòn. Với lộ trình mới qua cầu Phú Mỹ, các phương tiện sẽ rút ngắn được gần 15 km so với lộ trình hiện nay.