Nghị định quy định nguyên tắc áp dụng quản lý thuế đối với giao dịch liên kết; xác định các bên có quan hệ liên kết; phương pháp phân tích, so sánh và xác định giá giao dịch liên kết; xác định chi phí được tính thuế; quyền, nghĩa vụ của người nộp thuế trong kê khai, lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết; trách nhiệm về báo cáo lợi nhuận liên quốc gia và trách nhiệm của các cơ quan quản lý nhà nước.

Theo Nghị định, giao dịch liên kết bao gồm các hoạt động mua, bán, trao đổi, thuê, cho thuê, vay, cho vay, chuyển giao hàng hóa, dịch vụ, tài sản hữu hình, tài sản vô hình, các giao dịch tài chính cũng như các thỏa thuận sử dụng chung nguồn lực, chia sẻ chi phí giữa các bên có quan hệ liên kết. Các giao dịch thuộc diện Nhà nước định giá theo pháp luật về giá không thuộc phạm vi điều chỉnh của Nghị định.

Đáng chú ý, Nghị định quy định cụ thể các trường hợp được xác định là có quan hệ liên kết theo Luật Quản lý thuế, như doanh nghiệp nắm giữ từ 25% vốn góp của doanh nghiệp khác; cùng chịu sự chi phối của một bên thứ ba; là cổ đông lớn nhất nắm giữ từ 10% cổ phần; có quan hệ bảo lãnh, cho vay với tỷ lệ dư nợ đáp ứng điều kiện luật định; có quyền chỉ định hoặc kiểm soát ban lãnh đạo; cùng chịu sự điều hành của một cá nhân hoặc các cá nhân có quan hệ thân thuộc; quan hệ giữa tổ chức tín dụng với công ty con, công ty kiểm soát hoặc công ty liên kết...

Về quyền và nghĩa vụ của người nộp thuế, Nghị định yêu cầu doanh nghiệp phải kê khai và xác định giá giao dịch liên kết theo nguyên tắc không làm giảm nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp tại Việt Nam.

Người nộp thuế có trách nhiệm chứng minh việc phân tích, so sánh và lựa chọn phương pháp xác định giá giao dịch liên kết; kê khai đầy đủ thông tin về quan hệ liên kết và các giao dịch liên kết theo các phụ lục ban hành kèm theo Nghị định; đồng thời lập, lưu giữ và cung cấp hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết theo yêu cầu của cơ quan thuế.

Hồ sơ này bao gồm thông tin về quan hệ liên kết và giao dịch liên kết, hồ sơ quốc gia, hồ sơ toàn cầu và báo cáo lợi nhuận liên quốc gia của công ty mẹ tối cao (nếu thuộc diện áp dụng).

Theo Nghị định, hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết phải được hoàn thành trước thời điểm kê khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp hằng năm, lưu giữ đầy đủ và xuất trình khi cơ quan thuế yêu cầu. Người nộp thuế chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, tài liệu cung cấp.

Ngoài ra, các công ty tư vấn, kiểm toán độc lập và đại lý thuế khi đại diện doanh nghiệp lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết cũng phải tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế và chịu trách nhiệm trước pháp luật đối với công việc thực hiện.