Tại Indonesia, có ít nhất 88 trường hợp mắc bệnh đậu mùa khỉ kể từ khi các cơ quan y tế phát hiện trường hợp đầu tiên vào năm 2022. Nhưng Bộ Y tế tuyên bố rằng không phát hiện bất kỳ trường hợp mới nào gần đây, bao gồm cả những trường hợp do biến thể mới gây ra.

Giải trình tự bộ gen trên 54 trường hợp cho đến nay cho thấy phần lớn các trường hợp được phát hiện ở Indonesia là do nhóm Clade IIb gây ra, "có tỷ lệ tử vong thấp hơn và chủ yếu lây truyền qua quan hệ tình dục".

Chính phủ đã tăng cường cảnh giác và chuẩn bị một số biện pháp để ứng phó với tình trạng khẩn cấp toàn cầu. Trong số các biện pháp có "tăng cường giám sát" đối với người, hàng hóa và phương tiện tại các điểm nhập cảnh vào Indonesia, đặc biệt là "những người đến từ các quốc gia có trường hợp nhiễm bệnh”.

Bộ Y tế cũng yêu cầu khách du lịch nước ngoài báo cáo hồ sơ bệnh án và lịch sử đi lại gần đây cho các cơ quan chức năng tại biên giới. Bộ Y tế Indonesia cũng đã lắp đặt máy quét nhiệt để kiểm tra nhiệt độ cơ thể, nhưng chưa ban hành lệnh hạn chế đi lại chính thức đối với người dân Indonesia đến các quốc gia khác.

Indonesia cũng chuẩn bị 4.450 liều vaccine ngừa bệnh đậu mùa khỉ, với vaccine Jynneos được WHO khuyến nghị cùng với các nhãn hiệu khác là ACAM2000 và LC16. Tuy nhiên giới chức y tế cho rằng chính phủ nên tăng cường nỗ lực bằng cách chủ động hơn trong việc truy vết các trường hợp trong nhóm có nguy cơ cao như những người nhiễm HIV. Số lượng vaccine do chính phủ chuẩn bị cũng "không đủ", vì có khoảng 500.000 người nhiễm HIV ở Indonesia. Do đó, chính phủ nên ưu tiên tiêm vaccine cho những người mắc AIDS, bệnh mãn tính hay người cao tuổi".