Phát biểu này nhanh chóng nhận phải nhiều chỉ trích của khán giả vì cơn bão số 3 (Yagi) vừa đổ bộ Hải Phòng gây ra những thiệt hại nặng nề về người và tài sản. Trước làn sóng dư luận, ông Phạm Duy Khánh đã có bài viết dài gửi lời xin lỗi và giải thích về phát ngôn gây hiểu lầm của mình: "Thực chất, câu Khánh định nói là “Chúng tôi rất vui mừng khi cuộc thi vẫn được diễn ra dù Hải Phòng vừa gặp một trận bão lớn nhất từ xưa tới giờ”. Tuy nhiên, với cương vị trưởng BTC, tổng đạo diễn chương trình, Khánh đã bị quá phân tâm bởi trước giờ khai mạc, mưa xối xả gần một tiếng đồng hồ, vừa lo khách mời, lo sân khấu, lo cho thí sinh, lo cho các nghệ sỹ tham gia biểu diễn, lo điện đóm, sân khấu các thứ nên đầu óc căng như dây đàn. Đã thế, tờ giấy phát biểu Khánh đã in ra nhưng vì đi lại mưa gió nên bị ướt và nát hết, nên Khánh quyết định nói và đã xảy ra sự cố đáng tiếc này.

Khánh thật lòng xin lỗi tất cả mọi người, bởi cho dù có thanh minh như thế nào thì lời nói ấy đã vô tình làm tổn thương biết bao người. Khánh thật tâm cúi đầu xin lỗi tất cả, và mong được lượng thứ!".

Ông Phạm Duy Khánh cũng cho biết, cuộc thi được tổ chức tại Hải Phòng, thời điểm sau bão, BTC cũng đã quyết định huỷ đêm thi Bán kết, thay vào đó tổ chức 2 buổi cho các thí sinh tham gia dọn dẹp cây cối gãy đổ, sau đó tổ chức một buổi đi thăm và tặng quà cho những người già neo đơn. Ông Phạm Duy Khánh và toàn thể các thí sinh và mọi người trong BTC cũng đã quyên góp và chuyển 150 triệu đồng vào MTTQ Thành phố Hải Phòng để ủng hộ bà con vùng lũ.

Một sự việc nữa cũng gây tranh cãi trong đêm chung kết, đó là việc ông Phạm Duy Khánh lấy vương miện từ tay đương kim hoa hậu Lý Kim Thảo để đội lên đầu tân hoa hậu Kỳ Duyên. Giải thích về điều này, trưởng BTC cuộc thi cho biết: "Khi Lý Kim Thảo cầm vương miện định giơ lên để đội cho Kỳ Duyên, chiếc váy dạ hội của Lý Kim Thảo có cái vành trên vai áo rất cứng và Thảo không thể giơ tay lên được nên mới nói “anh Khánh đội giúp em”, và lúc đó Kỳ Duyên đã cúi xuống chờ đợi, lại đang trên sóng trực tiếp nên cần nhanh gọn, vì thế Khánh đã giúp Thảo đội vương miện cho tân hoa hậu Kỳ Duyên".

Trưởng BTC Hoa hậu Du lịch Việt Nam toàn cầu cũng coi đây là bài học đắt giá trong việc phát ngôn cũng như xử lý các tình huống trên sân khấu trong quá trình diễn ra cuộc thi được truyền hình trực tiếp. Ông hứa sẽ tiếp thu sự góp ý của mọi người để sửa đổi, nhằm hoàn thiện bản thân mình hơn.