Bảo tàng Biệt động Sài Gòn - Gia Định có trụ sở tại số 145 Trần Quang Khải, phường Tân Định, Quận 1, TP.HCM. Đây là bảo tàng duy nhất ở Việt Nam về lực lượng Biệt động Sài Gòn - Gia Định và là bảo tàng nằm trong di tích.

Trước đây, trong kháng chiến cứu nước, địa điểm đặt bảo tàng này thuộc Nghiệp đoàn Ngọc Quế - một cơ sở bí mật của lực lượng Biệt động Sài Gòn hoạt động dưới vỏ bọc là cơ sở đóng mới xích lô và gia công đồ nội thất cho dinh Độc Lập.

Bảo tàng Biệt động Sài Gòn - Gia Định có các bộ sưu tập hiện vật quý giá gắn liền với lực lượng biệt động, gồm: bộ sưu tập các hầm bí mật chứa vũ khí, ém quân; bộ sưu tập những chiếc xe các chiến sĩ Biệt động đã dùng để đi lại, hoạt động; bộ sưu tập vũ khí; bộ sưu tập vật dụng sinh hoạt gắn liền với quá trình hoạt động của lực lượng Biệt động Sài Gòn; bộ sưu tập dụng cụ đồ nghề sản xuất của Anh hùng Lực lượng vụ trang nhân dân Trần Văn Lai (Mai Hồng Quế) trong vỏ bọc nhà thầu khoán dinh Độc Lập; bộ sưu tập thiết bị thông tin liên lạc…Mỗi hiện vật là một câu chuyện kể sống động, gần gũi mà cũng đầy tính chất huyền thoại của Biệt động Sài Gòn - Gia Định.

Tại bảo tàng, lịch sử của Biệt động Sài Gòn - Gia Định hiện lên sống động qua lược đồ được xây dựng trên tấm bản đồ xưa của Sài Gòn - Gia Định. Lần đầu tiên, một hình ảnh tổng quan về mạng lưới và cách thức hoạt động đầy bí ẩn của Biệt động Sài Gòn - Gia Định được hiện hữu đầy đủ và rõ nét qua hệ thống các hầm chứa vũ khí, hầm ém quân được xây dựng ngay trong lòng địch trong nhiều năm phục vụ cho các trận đánh huyền thoại của Biệt động giữa lòng Sài Gòn, cho Chiến dịch Tổng tiến công và nổi dậy Xuân Mậu Thân 1968.

Cùng với tấm bản đồ là các màn hình tương tác thông minh để khách tham quan tra cứu hình ảnh và dữ liệu về các chiến sĩ, chiến công huyền thoại của Biệt động Sài Gòn - Gia Định. Một "Bức tường Tưởng niệm" cũng đã được xây dựng trang trọng trong không gian ấm cúng của bảo tàng để tri ân, tưởng nhớ những anh hùng liệt sĩ Biệt động Sài Gòn - Gia Định đã hiến dâng cuộc đời cho Tổ quốc.

Ông Nguyễn Quốc Độ, Phó Chủ nhiệm Câu lạc bộ Truyền thống kháng chiến Khối vũ trang Biệt động quân khu Sài Gòn - Gia Định nói: "Trước đó, Bảo tàng Biệt động Sài Gòn- Gia Định cũng hoạt động được vài năm. Lần này chúng tôi chủ trương đầu tư, phục dựng lại một số di tích, bổ sung hiện vật, xây dựng chỉn chu và ngăn nắp hơn. Chúng tôi tin tưởng Bảo tàng sẽ lan tỏa truyền thống mạnh hơn, nhất là trong học sinh sinh viên, trong lớp trẻ".

Để có được Bảo tàng ngày hôm nay, nhiều nhân chứng lịch sử và thế hệ con cháu của Biệt động Sài Gòn - Gia Định đã có một hành trình dài tìm kiếm, sưu tầm và phục dựng lại kỷ vật. Việc tìm kiếm kỷ vật rất khó khăn do tính chất đặc biệt của lực lượng Biệt động, đó là một lực lượng từ nhân dân, hòa vào trong dân. Các chiến sĩ Biệt động mỗi khi hoàn thành nhiệm vụ lại trở về làm một người dân bình thường.

Với lòng kiên trì bền bỉ và sự hỗ trợ của các ngành chức năng liên quan, ngày 21/6/2023, Sở Văn hóa và Thể thao TP.HCM thừa ủy quyền của Chủ tịch UBND TP.HCM ký cấp giấy phép hoạt động bảo tàng ngoài công lập cho Bảo tàng Biệt động Sài Gòn - Gia Định. Bảo tàng chịu sự quản lý của Nhà nước và chính quyền địa phương nơi hoạt động và thuộc sở hữu của gia đình Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân Trần Văn Lai.