Những thay đổi này đòi hỏi doanh nghiệp phải rà soát lại quy trình kê khai và thực hiện nghĩa vụ thuế để tránh phát sinh sai sót, chậm trễ.

Phát hiện sai sót phải xác định đúng thời điểm để xử lý

Tại Hội nghị gặp gỡ, trao đổi với các doanh nghiệp lớn trên địa bàn TP. Hồ Chí Minh ngày 28/8, đại diện Thuế TP. Hồ Chí Minh đã thông tin nhiều điểm mới đáng chú ý trong chính sách quản lý thuế được áp dụng từ tháng 7/2026.

Theo bà Trịnh Thị Nga, Kiểm tra viên Phòng Nghiệp vụ - Dự toán - Pháp chế, các quy định mới tập trung vào 4 nhóm nội dung chính: quản lý khai và hoàn thuế; quản lý giao dịch liên kết; thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung tối thiểu toàn cầu; đồng thời chuyển mạnh sang phương thức quản lý thuế dựa trên mức độ rủi ro và tuân thủ của người nộp thuế.

Một trong những vấn đề doanh nghiệp dễ phát sinh trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế là sai sót trong hồ sơ khai thuế. Quy định mới phân biệt khá rõ giữa trường hợp được khai bổ sung và trường hợp phải giải trình bổ sung.

Nếu doanh nghiệp tự phát hiện sai sót trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra, đồng thời sai sót không nằm trong phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra và không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung, doanh nghiệp được thực hiện khai bổ sung trong thời hạn 5 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế.

Ngược lại, với những sai sót đã nằm trong phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra hoặc được phát hiện sau khi hết thời hạn 5 năm, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục giải trình với cơ quan thuế.

Cách phân định này khiến thời điểm doanh nghiệp phát hiện và xử lý sai sót trở thành yếu tố quan trọng. Việc chủ động rà soát hồ sơ, phát hiện và điều chỉnh sớm sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế rủi ro trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.

Về nghĩa vụ tài chính, nếu khai bổ sung khiến số thuế phải nộp tăng hoặc số thuế được miễn, giảm, hoàn giảm xuống, doanh nghiệp phải nộp phần thuế còn thiếu cùng tiền chậm nộp theo quy định. Trường hợp khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp, tiền chậm nộp được điều chỉnh tương ứng và khoản nộp thừa được xử lý theo quy định hiện hành.

Đối với hồ sơ giải trình bổ sung, doanh nghiệp phải trình bày cụ thể nội dung sai sót, nguyên nhân, kỳ điều chỉnh, số thuế điều chỉnh và cung cấp các tài liệu có liên quan. Trong thời hạn 5 ngày, cơ quan thuế sẽ rà soát và có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận hồ sơ.

Bớt áp lực với doanh nghiệp sử dụng nhà thầu nước ngoài

Một điểm mới khác liên quan đến nghĩa vụ khai thay, nộp thay thuế đối với trường hợp doanh nghiệp Việt Nam sử dụng dịch vụ của nhà thầu nước ngoài.

Theo quy định mới, doanh nghiệp vẫn thực hiện khai thay, nộp thay theo tháng. Tuy nhiên, trong những tháng không phát sinh thanh toán hoặc khấu trừ, doanh nghiệp không còn phải gửi tờ khai trắng như trước.

Khi hợp đồng nhà thầu kết thúc, doanh nghiệp vẫn có trách nhiệm quyết toán thay. Tuy nhiên, nếu số liệu không thay đổi so với các kỳ khai theo tháng, doanh nghiệp cũng không phải nộp tờ khai quyết toán.

Quy định này được kỳ vọng giúp giảm bớt thủ tục hành chính đối với những doanh nghiệp có phát sinh quan hệ với nhà thầu nước ngoài nhưng không phát sinh nghĩa vụ trong từng kỳ.

Một nội dung doanh nghiệp có hoạt động tại nhiều tỉnh, thành cần đặc biệt lưu ý là lộ trình thay đổi cách phân bổ thuế giá trị gia tăng (GTGT).

Theo Nghị định 252/2026/NĐ-CP, cơ chế phân bổ thuế GTGT hiện áp dụng đối với một số lĩnh vực như xổ số điện toán, xây dựng công trình, chuyển nhượng bất động sản, cơ sở sản xuất và hoạt động thủy điện. Tuy nhiên, cơ chế này chỉ được duy trì đến hết ngày 31/12/2026.

Từ ngày 1/1/2027, phạm vi phân bổ thuế GTGT được thu hẹp, chỉ còn áp dụng đối với xổ số điện toán và thuế GTGT đầu vào.

Như vậy, những doanh nghiệp có hoạt động sản xuất, xây dựng hoặc kinh doanh bất động sản tại nhiều địa phương sẽ phải sớm rà soát lại cách thức kê khai, phân bổ thuế để phù hợp với quy định mới từ năm 2027.

Trong khi đó, đối với thuế thu nhập doanh nghiệp, nghĩa vụ phân bổ vẫn được duy trì đối với cơ sở sản xuất, bao gồm cơ sở gia công, lắp ráp và điện mặt trời.

Với thuế thu nhập cá nhân, doanh nghiệp có thêm lựa chọn trong phương thức thực hiện: có thể khai tập trung tại trụ sở chính rồi phân bổ cho các đơn vị hoặc khai riêng tại cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc.

Hoàn thuế được đẩy mạnh theo hướng điện tử

Quy trình hoàn thuế cũng có nhiều điểm được điều chỉnh. Chính sách mới bổ sung trường hợp hoàn thuế đối với mức thuế suất 5% và dự án đầu tư mở rộng. Trong khi đó, các trường hợp chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, chia, tách hoặc hợp nhất không còn thuộc diện được hoàn thuế.

Đáng chú ý, quy trình xử lý hồ sơ được thiết kế theo hướng điện tử hóa và tự động hóa nhiều hơn. Sau khi hồ sơ được gửi, hệ thống thuế sẽ tự động thông báo việc tiếp nhận. Doanh nghiệp cũng có thể hủy hồ sơ trong trường hợp cơ quan thuế chưa ban hành quyết định hoàn thuế hoặc chưa công bố quyết định kiểm tra.

Đối với hồ sơ thuộc diện “hoàn trước”, hệ thống sẽ thực hiện rà soát tự động. Nếu phát sinh yêu cầu giải trình, thông tin sẽ được gửi đến doanh nghiệp qua hệ thống.

Trường hợp doanh nghiệp không phản hồi, cơ quan thuế sẽ thông báo hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế, thay vì chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước như cơ chế cũ.

Điều này đồng nghĩa doanh nghiệp cần tăng cường theo dõi thông báo điện tử và phản hồi kịp thời khi cơ quan thuế yêu cầu bổ sung, giải trình hồ sơ.

Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, các nghĩa vụ cơ bản vẫn bao gồm kê khai xác định giá giao dịch liên kết, lựa chọn và chứng minh phương pháp xác định giá phù hợp, kê khai các phụ lục liên quan, đồng thời lập và lưu trữ hồ sơ xác định giá theo quy định.

Điểm đáng chú ý là điều kiện miễn lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết được mở rộng.

Cụ thể, doanh nghiệp có doanh thu dưới 50 tỷ đồng và tổng giá trị các giao dịch liên kết dưới 30 tỷ đồng thuộc trường hợp được miễn lập hồ sơ. Ngoài ra, doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện về doanh thu và tỷ suất lợi nhuận theo quy định cũng có thể được miễn.

Với các tập đoàn đa quốc gia, một thay đổi quan trọng liên quan đến Báo cáo lợi nhuận liên quốc gia (CBCR) cũng cần được lưu ý.

Theo quy định mới, công ty mẹ tối cao tại Việt Nam có doanh thu hợp nhất toàn cầu trong năm tài chính liền kề trước năm báo cáo từ 750 triệu euro trở lên thuộc diện phải nộp CBCR.

Mức 750 triệu euro được sử dụng thay cho ngưỡng 18.000 tỷ đồng trước đây. Đồng thời, căn cứ xác định nghĩa vụ được chuyển sang doanh thu hợp nhất của năm tài chính liền kề trước năm báo cáo.

Trong trường hợp công ty mẹ tối cao đã nộp CBCR tại quốc gia nơi cư trú và quốc gia đó có thỏa thuận trao đổi thông tin tự động với Việt Nam, doanh nghiệp tại Việt Nam có thể thuộc trường hợp được miễn nộp lại báo cáo. Tuy nhiên, nghĩa vụ thông báo vẫn phải được thực hiện.

CBCR được gửi trực tuyến theo định dạng XML và thời hạn nộp chậm nhất là 12 tháng kể từ ngày kết thúc năm tài chính của công ty mẹ tối cao.

Cùng với các quy định mới về quản lý thuế, các tập đoàn đa quốc gia thuộc diện áp dụng tiếp tục phải thực hiện nghĩa vụ liên quan đến thuế tối thiểu toàn cầu tại Việt Nam theo Nghị quyết 107/2023/QH15 và Nghị định 236/2025/NĐ-CP, áp dụng từ kỳ tính thuế năm 2024.

Đối tượng áp dụng là các đơn vị hợp thành của tập đoàn đa quốc gia có doanh thu hợp nhất của công ty mẹ tối cao đạt từ 750 triệu euro trở lên trong ít nhất 2 năm của 4 năm liền kề trước năm báo cáo.

Theo đại diện Thuế TP. Hồ Chí Minh, doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm đến 3 nhóm nghĩa vụ hành chính.

Thứ nhất, nếu một tập đoàn có nhiều đơn vị hợp thành tại Việt Nam, tập đoàn phải chỉ định một đơn vị đại diện để thực hiện việc kê khai và thông báo. Việc chỉ định phải được thực hiện trong vòng 30 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính của công ty mẹ tối cao.

Thứ hai, doanh nghiệp thuộc diện áp dụng phải thực hiện đăng ký thuế lần đầu, với thời hạn chậm nhất là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

Thứ ba, doanh nghiệp phải kê khai và xác định thuế bổ sung tối thiểu nội địa đạt chuẩn (QDMTT), thời hạn nộp hồ sơ chậm nhất là 12 tháng kể từ ngày kết thúc năm tài chính.

Nhìn tổng thể, các quy định mới đang đưa quản lý thuế theo hướng tăng tính điện tử, tự động hóa và phân loại người nộp thuế dựa trên mức độ rủi ro, đồng thời đặt yêu cầu cao hơn đối với khả năng tuân thủ của doanh nghiệp.

Đối với cộng đồng doanh nghiệp, vấn đề không chỉ nằm ở việc nắm được quy định mới mà còn ở khả năng chuyển hóa quy định thành quy trình thực hiện cụ thể. Việc rà soát hồ sơ khai thuế, hệ thống dữ liệu, phương thức phân bổ thuế, hồ sơ giao dịch liên kết và nghĩa vụ của các tập đoàn đa quốc gia cần được thực hiện sớm, nhất là trước những mốc thay đổi quan trọng từ năm 2027.

Trong bối cảnh cơ quan thuế đẩy mạnh quản lý điện tử và tự động hóa, doanh nghiệp càng cần chú trọng tính chính xác, đầy đủ và kịp thời của dữ liệu kê khai. Chủ động tuân thủ ngay từ đầu sẽ là yếu tố quan trọng giúp doanh nghiệp hạn chế phát sinh nghĩa vụ bổ sung, tiền chậm nộp và các rủi ro trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế.