Trưởng thành từ trung tâm đào tạo PVF, Lê Ngọc Bảo có nhiều thời gian trải nghiệm các môi trường bóng đá tại giải VĐQG. Ngọc Bảo từng có quãng thời gian thi đấu cho Quảng Ninh, Cần Thơ để có cơ hội học hỏi, cọ xát để trưởng thành hơn.

Đến năm 2019, Lê Ngọc Bảo trở lại Phố Hiến (tiền thân của PVF-CAND) và thi đấu ấn tượng tại giải hạng Nhất. Màn trình diễn ấn tượng trong màu áo Phố Hiến giúp Ngọc Bảo được HLV Park Hang Seo gọi lên U23 Việt Nam tham dự SEA Games 2019 tại Philippines. Ngọc Bảo góp phần quan trọng trong chiến tích giành HCV SEA Games của U23 Việt Nam.

Ngọc Bảo sau đó gia nhập Quy Nhơn Bình Định và Nam Định. Sau khi chơi thành công ở hai CLB này, Ngọc Bảo quyết định trở lại “mái nhà xưa” PVF-CAND trong mùa giải 2024/2025.

PVF-CAND là á quân tại giải hạng Nhất quốc gia 2023/2024, sau đó thất bại trong trận play-off với Hà Tĩnh để tranh suất lên hạng. Mùa này, PVF-CAND đặt mục tiêu giành vé lên chơi tại V-League mùa tới nên tăng cường lực lượng khá mạnh mẽ.

Ngọc Bảo khá thành công ở cấp CLB với hàng loạt danh hiệu như vô địch Cúp Quốc gia, Siêu cúp Quốc gia 2016 (Quảng Ninh); V-League 2023/2024 (Nam Định).