Các bị can bị truy tố gồm: Trần Tùng (SN 1978, nguyên Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên); Trần Thị Quyên (SN 1986, Giám đốc Công ty Sen vàng Đất Việt); Lê Thị Phượng (SN 1969, nguyên Chuyên viên Phòng khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương); Nguyễn Văn Văn (SN 1965, nguyên Phó giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam); Lê Ngọc Tường (SN 1979, nguyên Phó giám đốc Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam); Nguyễn Mạnh Trường (SN 1980, nguyên Chuyên viên Phòng vận tải hàng không, Cục Hàng không Việt Nam, Bộ Giao thông vận tải) và một số bị can khác.

Theo cáo trạng, khi dịch Covid-19 bùng phát và diễn biến phức tạp, Chính phủ đã chỉ đạo tổ chức các chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước để phòng chống dịch. Chính phủ giao cho Văn phòng Chính phủ, Tổ công tác của một số bộ, ngành và địa phương thực hiện quy trình cấp phép chuyến bay và cho chủ trương cách ly.

Lợi dụng chủ trương của Đảng, Nhà nước và chức vụ quyền hạn được giao, một số cá nhân tại UBND các tỉnh, thành phố đã thoả thuận đưa/nhận hối lộ, làm trái công vụ để tham mưu, đề xuất chấp thuận chủ trương cho các doanh nghiệp đưa công dân về nước cách ly y tế tại các địa phương; trực tiếp hoặc qua trung gian móc nối, thoả thuận với cán bộ thuộc Bộ Y tế đưa hối lộ/nhận hối lộ với số tiền lớn để có văn bản chấp thuận, xét duyệt cho công dân về trên các chuyến bay.

Cáo trạng xác định, bị can Trần Tùng (nguyên Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên) nhận hối lộ 3 lần, tổng cộng hơn 4,4 tỷ đồng. Ngoài ra, bị can Trần Tùng còn lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ để tham mưu, đề xuất UBND tỉnh Thái Nguyên trong việc thực hiện 7 chuyến bay của bà Bùi Thị Kim Phụng, hưởng lợi số tiền hơn 3,2 tỷ đồng. 

Theo cơ quan truy tố, bị can Lê Thị Phượng (nguyên Chuyên viên Phòng khoa giáo Văn xã, Văn phòng UBND tỉnh Hải Dương) nhận hối lộ 2 lần, tổng cộng 650 triệu đồng. Nguyễn Văn Văn (nguyên Phó giám đốc Sở Y tế tỉnh Quảng Nam) nhận hối lộ 5 lần, tổng 450 triệu đồng. Lê Ngọc Tường (nguyên Phó giám đốc Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch tỉnh Quảng Nam) nhận hối lộ 4 lần, tổng số 400 triệu đồng...

Giai đoạn 1 của vụ án "chuyến bay giải cứu", 54 bị cáo đã nhận mức án tương xứng. Cơ quan truy tố xác định, trong quá trình giải quyết vụ án, các cơ quan tố tụng đã tách các nội dung liên quan có dấu hiệu sai phạm nhưng chưa được làm rõ ở giai đoạn 1, để tiếp tục điều tra, xác minh, làm rõ và kết luận ở giai đoạn 2 của vụ án.