Dự thảo Nghị định quy định đầy đủ các khía cạnh tự chủ của cơ sở giáo dục, không phụ thuộc vào mức độ tự chủ tài chính, bao gồm: tự chủ về học thuật, chuyên môn; tự chủ về nghiên cứu khoa học; tự chủ về cơ câu tổ chức, nhân sự; tự chủ về hợp tác quốc tế; tự chủ về tài chính, tài sản, đầu tư. Trong đó, người đứng đầu cơ sở giáo dục được toàn quyền quyết định việc sử dụng các nguồn tài chính đặt hàng hoặc giao nhiệm vụ để hoàn thành nhiệm vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học và phát triển cơ sở giáo dục.

Thứ trưởng Bộ Giáo dục và đào tạo Lê Quân cho biết: "Cơ chế đặt hàng trước đây triển khai rất lâu rồi nhưng mà không làm được bởi vì chúng ta vướng về cơ chế là giá và định mức chi phí đặt hàng. Thì lần này nghị định cũng giải quyết bài toán là theo các đề án, định mức và cơ bản là giao cho các cơ sở giáo dục sẽ căn cứ vào chất lượng, căn cứ vào mức độ tự chủ của mình và căn cứ vào mức chi tiêu của mình sẽ xây dựng các cái định mức kinh tế kỹ thuật và các định mức kinh tế kỹ thuật đó làm cơ sở để cơ quan nhà nước có thẩm quyền, bộ, ngành, tỉnh đặt hàng và mức đặt hàng thì cao nhất là theo cái định mức đó.

Từ góc độ của cơ sở giáo dục, PGS.TS Nguyễn Hiệu, Phó Giám đốc thường trực Đại học Quốc gia Hà Nội cho rằng: "Hoàn thiện quy định về quyền tự chủ của cơ sở giáo dục đại học theo hướng trao thực quyền gắn với trách nhiệm giải trình và chuyển mạnh từ tiền kiểm sang hậu kiểm thông qua cái kiểm định chất lượng. Về cơ chế đặt hàng và giao nhiệm vụ cần coi đây là cái phương thức chủ yếu để nhà nước đầu tư phân bổ nguồn lực và định hướng phát triển giáo dục đại học gắn với chất lượng hiệu quả và kết quả đầu ra; đồng thời cần có những quy định rất là cụ thể về nguyên tắc đặt hàng, tiêu chí lựa chọn cơ sở giáo dục đại học rồi tiêu chí đánh giá nghiệm thu, thanh quyết toán và trách nhiệm của cơ quan liên quan để đảm bảo thống nhất minh bạch".

Kết luận cuộc họp, Phó thủ tướng Lê Tiến Châu yêu cầu Bộ Giáo dục và Đào tạo phối hợp với các bộ liên quan hoàn thiện dự thảo Nghị định để kịp xin ý kiến thành viên Chính phủ trước ngày 20/7. Đồng thời phối hợp với Bộ công an, Bộ ngoại giao rà soát các nội dung của dự thảo nghị định, nhất là những vấn đề liên quan đến tự chủ học thuật theo hướng tự chủ tối đa về học thuật đối với các lĩnh vực khoa học kỹ thuật, công nghệ, tự nhiên; phân định rõ cơ chế tự chủ giữa cơ sở giáo dục đại học công lập và tư thục:

Đối với cơ sở công lập, cơ chế tự chủ phải gắn với ngân sách nhà nước, tài sản công, đầu tư công, kế toán, kiểm toán, công khai và trách nhiệm giải trình. Còn đối với cơ sở tư thục, cần tôn trọng quyền tự chủ về nguồn thu, nội dung chi, phân phối kết quả tài chính, sử dụng lợi nhuận sau thuế, quản lý tài sản, huy động vốn, đầu tư theo pháp luật về doanh nghiệp, đầu tư, về thuế và pháp luật có liên quan.nghiên cứu cơ chế huy động hoặc cho phép doanh nghiệp, nhà đầu tư, tổ chức cá nhân tham gia tài trợ đầu tư như là các phòng thí nghiệm, trung tâm đổi mới sáng tạo và các dịch vụ hỗ trợ người học.

Đối với chương trình trọng điểm quốc gia đào tạo tiến sĩ toàn thời gian, Phó Thu tớng đề nghị Bộ giáo dục đào tạo rà soát kỹ đối tượng, điều kiện, mức hỗ trợ, nguồn kinh phí, cơ chế đặt hang... Các khoản hỗ trợ ngoài học bổng và sinh hoạt phí nếu cần thiết phải gắn với nhiệm vụ khoa học và công nghệ hoặc chương trình cụ thể được cấp có thẩm quyền phê duyệt, không mở rộng chính sách vượt thẩm quyền.